Problem ze szkodnikami rzadko pojawia się bez żadnych wcześniejszych oznak. W pewnych przypadkach są to niewielkie uszkodzenia opakowań, ślady na powierzchniach, martwe owady znalezione w pobliżu okien albo odgłosy dochodzące z przestrzeni pod podłogą czy za zabudową. W innych przypadkach obecność organizmów zostaje zauważona dopiero w trakcie porządków lub przeglądu zapasów.
Z praktycznego punktu widzenia istotne jest, by nie ograniczać obserwacji wyłącznie do miejsc, w których znaleziono 1-szy ślad. Szkodniki mogą przemieszczać się w gronie pomieszczeniami, skorzystać z niedużych szczelin i pojawiać się okresowo. Dlatego systemy ochrony przed szkodnikami powinny uwzględniać sposób użytkowania budynku, jego konstrukcję oraz rodzaj materiałów przechowywanych wewnątrz. Innych warunków wymagają pomieszczenia z żywnością, innych magazyn, a jeszcze innych budynek mieszkalny.
Duże znaczenie ma właściwe rozpoznanie miejsca, w którym pojawiła się aktywność. W sytuacji gryzoni na prawdę często należy sprawdzić okolice ścian, drzwi, przejść instalacyjnych i pomieszczeń, gdzie znajdują się zapasy. Przy owadach istotne bywają jednakże miejsca ciepłe, wilgotne albo rzadko poruszane, choćby konkretne zachowanie uzależniony jest od gatunku. Samo ustawienie pułapki czy zastosowanie środka w miejscu, gdzie zauważono szkodnika, nie za każdym razem daje pełny obraz sytuacji. O ile źródło problemu znajduje się gdzie indziej, aktywność może być nadal widoczna po wykonaniu pojedynczego działania. W praktyce przydatne jest więc prowadzenie obserwacji w czasie. Zmieniająca się liczba śladów, ich rozmieszczenie oraz częstotliwość pojawiania się mogą dostarczyć informacji, których nie da się zyskać w trakcie jednorazowej testom. Powinno się także brać pod uwagę sezonowość, ponieważ warunki panujące na zewnątrz wpływają na zachowanie wielu gatunków.
Ochrona przed szkodnikami obejmuje też ograniczanie czynników, które ułatwiają im pozostanie w danym miejscu. Nieszczelne drzwi, otwory wokół przewodów, uszkodzone fragmenty elewacji czy szczeliny konstrukcyjne mogą tworzyć dogodne drogi wejścia. Znaczenie ma również sposób przechowywania produktów. Otwarte opakowania, rozsypane resztki oraz odpady pozostawione w łatwo dostępnych miejscach mogą stanowić źródło pożywienia. Nie oznacza to jednakże, że sama higiena rozwiązuje właściwie każdy problem. W budynkach o rozbudowanej konstrukcji dostęp do niektórych przestrzeni jest ograniczony, a szkodniki mogą pojawić się wraz z dostawą materiałów, żywnością albo przedmiotami przenoszonymi z innych miejsc. Z tego powodu systemy ochrony przed szkodnikami mogą łączyć monitoring, działania porządkowe, ograniczanie dostępu a także metody dostosowane do konkretnego rodzaju organizmu. Przy ich stosowaniu znaczenie ma także otoczenie, w którym znajdują się ludzie, zwierzęta lub produkty przeznaczone do spożycia.
Ważną kwestią pozostaje kontrola efektów podjętych działań. O ile po usunięciu widocznych śladów sytuacja przez pewien czas wydaje się spokojna, nadal warto zwracać uwagę na miejsca, w których wcześniej występowała aktywność. W sytuacji części szkodników przerwa w obserwacjach nie musi oznaczać całkowitego ustąpienia problemu. Zdarza się również, że po zmianie warunków, np temperatury lub dostępu do pożywienia, organizmy zaczynają skorzystać z innych części budynku. Ważne jest wtedy ponowne ustalenie, skąd mogą się przemieszczać i co sprzyja ich obecności. Przy bardziej złożonych obiektach pomocne może być oznaczenie kontrolowanych stref i zapisywanie rezultatów kolejnych oględzin. Daje możliwość to zauważyć zmiany w czasie a także odróżnić pojedyncze przypadki od powtarzającej się aktywności. Sposób postępowania w każdej sytuacji wymaga ponadto uwzględnienia konkretnego gatunku, warunków lokalnych i ograniczeń związanych z użytkowaniem danego pomieszczenia.
Zobacz również: systemy ochrony przed szkodnikami.